L’origine du prieuré est incertaine. L’ouvrage de Jeannine KIRMANN retrace avec précision ce qu’il en est connu.

Le vocable de Saint Martin Évêque de Tours (315-397) fut celui d’un saint très populaire en son temps et donna son nom à de nombreuses églises. L’origine du prieuré est incertaine.
Un prieuré à l’origine était une succursale d’une abbaye mère qui ayant reçu des terres les faisait fructifier en favorisant l’installation de quelques moines. Trois abbayes environnantes ont eu des droits féodaux sur le village de Cézas. Par la suite, de simples cures sont transformées en prieuré. Cette hypothèse ne peut être éliminée pour St martin de Cézas

On peut évaluer la date de construction de l’église au XIIe siècle.
Les premiers documents écrits, possédés, sur Cézas datent de 1293. Le village s’appelait à l’époque Saint-Martin de Cézassio, tout près du prieuré de St Pierre les Liens de Cambon-Bone (Cambo).  A la fin du XIIIe siècle le prieuré St Martin (Cézas) et St  Pierre (Cambo village voisin) sont réunis.
1560-1598, pendant les guerres de religions l’église fut abandonnée pendant une quarantaine d’année, les protestants gouvernant la région.
1611-1613, l’église est restaurée.
1621-1623, lors des guerres de Rohan la région passe aux mains des protestants et en 1625 l’église est à nouveau endommagée probablement en 1625, en représailles, par des protestants.
A partir de 1629 les restaurations de l’église commencent, la voute proviendrait de cette restauration, terminée en 1638.
En 1685 malgré la politique des autorités civiles qui consiste à implanter le maximum de catholiques dans le gard appliquant la politique anti protestante de la royauté, la moitié de la population de Cézas et la totalité de celle de Cambo sont protestantes. A cette date avec la révocation de l’édit de Nantes, la répression s’abat  avec l’abjuration des protestants de Cézas et de Cambo sous contrainte des dragonades et impôts (les frais des troupes et de la construction du fort de St Hyppolite leurs sont imputés).
1702-1713, Guerre des camisards, dans la nuit du 4 au 5 avril 1703 le prieuré est attaqué par les camisards, l’église est endommagée, son mobilier brulé, le presbytère est brulé lui aussi. Le 25 aout 1706 le prieur de Cézas est assassiné par un camisar. Le prieuré est restauré à partir de 1720.
1796, le Presbytère est vendu comme bien national, l’église reste bien public
1802, restauration officielle du culte et en 1820 Cézas est à nouveau érigé en paroisse.

Au XIX e siècle, la majorité des paroissiens trouvent l’église mal commode car trop éloignée, l’abandon du prieuré va être progressif. Renonçant à racheter l’ancien presbytère du prieuré, le conseil municipal de Cézas va en construire un dans le bas du village de Cézas ainsi qu’un chapelle, qui deviendra église de Cézas, consacrée en 1867.
Les habitants de Cézas ont continué à entretenir l’église du prieuré, l’ancien presbytère devient hangar agricole et tombe en ruine au XXe siècle.
Le centre de la vie sociale
Le prieuré a été le centre de la vie sociale pendant des siècles. C’est là que tous les actes de la vie sont scellés, baptêmes, mariages, sépultures.